Найти, где вставлялся код счетчика и перед <!-- Yandex.Metrika informer --> добавить <div style="text-align: center">
А после <!-- /Yandex.Metrika informer --> добавить </div>
Должно получится похожее на:
<div style="text-align: center">
<!-- Yandex.Metrika informer -->
Тут много кода счетчика от Яндекса
<!-- /Yandex.Metrika informer -->
</div>
Возможны и другие варианты для центрирования счетчика