Разница не будет, а только наоборот потеряешь.
Дополнительные домены можно просто зеркалом крепить или, например, другим языком и плавно перебрасывать туда целевую аудиторию, но и это сомнительно.
Теоретически, говорят, что Яндекс отдает рушкам предпочтение, на практике такого не видел.
Поисковики работают над тем, чтобы вычислять СДЛ на фоне ГС, поэтому стоит работать над этим.
В твоём случае стоит поработать над дизайном в том числе.
Ещё, например, сейчас поисковики отдают большее предпочтение семантичной и адаптированной верстке. Это больше даёт результата.
Ну и самое главное, про СДЛ.
"но еще не наполнял"
Непонятно, тогда как ты выяснил, что пересекается?
В общем я не совсем понимаю о чем ты и чего хочешь.
Если коротко, то смена домена - это плохая идея, если есть домен без АГС и без плохой репутации. В какой зоне он будет - это 0.001% от значимости. Главное хороший контент, остальное вторично.