Влияет, конечно, только косвенно: представим, что на сайте 1 - 5 страниц, а на сайте 2 - 200.
На сайт 1 можно ссылаться разве что на главную, да и пользы в нём немного. А вот сайт 2 гораздо полезнее и отдельные его страницы будут цитироваться на форумах и т.п.