Ндамс...
Видимо сайтец был "закрыт" этим самым
.htaccess...т.е. отсутствием нужных правил.
Какой на сайте индексный файл? Если это не
index.(html|htm||php|phtml|...) и директория закрыта для просмотра, то будет отправлен 403 заголовок.
После того, как он удалил сайт не работал?
Это однозначно не бан, но придется подождать пока сайт будет заново проиндексирован
P.S. И как же хорошо с этими вебмастерТулзами) В другое время бы гадали, почему из индекса выпали, а тут все как на ладони)