Конкретного кода нет. Вопрос абстрактный...Хотя надо взглянуть на код.
<head>
<script type="text/javascript" src="code1.js"></script><!--КОД 1-->
<script>
alert('я второй')
//КОД 2
</script>
</head>
// Javascript Document code1.js
alert('я первый')
Можешь открыть вкладку Net фаербага или другой девпанели и посмотреть.Сначала HTML основной страницы, а потом подгружает сопутствующие файлы CSS и JS ИЛИ нет?