<script type="text/javascript" src="<?php echo $this->baseurl ?>/templates/template_name/js/jquery-1.4.2.min.js"></script>
<script type="text/javascript">jQuery.noConflict()</script>
<jdoc:include type="head" />
jQuery(function($){
// Внутри этой конструкции можно использовать псевдоним $ ...
});