в том, что за .RU вы выложите 20$ а за .(com|net|org|pp).ru — ничего платить не нужно.
не мы так устанавливали, не нам это и менять. примите как факт и смиритесь.
а разницы — нет. только во втором случае имя длиннее.
ну, и, конечно, .ru — это «престиж», а .net.ru — это туфта.