Нет ничего проще. Проверено на собственном опыте.
Во flash-ролике используй метод getURL();
Например так: (это наиболее действенный способ)
_root.getURL("java script:functionName(args)");
Вполне очевидно, что functionName(args) - это имя твоей функции расположенной на web-странице, либо загруженная из js-файла.
Но можно воспользоваться и функцией FScommand. Но это так глючно, и очень часто просто не работает как хочется.